Фармацевтическая микробиология – прикладная отрасль микробиологии. Он включает в себя изучение микроорганизмов, связанных с производством фармацевтических препаратов, например, сведение к минимуму количества микроорганизмов в технологической среде, исключение микроорганизмов и побочных микробных продуктов, таких как экзотоксин и эндотоксин, из воды и других исходных материалов, а также обеспечение стерильности готового фармацевтического продукта. Журналы фармацевтической микробологии: «Прикладная и экологическая микробиология», «Журнал клинической микробиологии», «Молекулярная микробиология», «Обзоры клинической микробиологии», «Микробиология и молекулярная биология», «Nature Reviews Microbiology», «Ежегодный обзор микробиологии», «Прикладная микробиология и биотехнология», «Тенденции в микробиологии».