Респираторный микробиом — это легочное микробное сообщество, состоящее из сложного разнообразия микроорганизмов, обнаруженных в нижних дыхательных путях, особенно на слизистом слое и на эпителиальных поверхностях. К этим микроорганизмам относятся бактерии, грибы, вирусы и бактериофаги. Бактериальная часть микробиоты изучена более тщательно. Он состоит из ядра из девяти родов: Prevotella, Sphingomonas, Pseudomonas, Acinetobacter, Fusobacterium, Megasphaera, Veillonella, Staphylococcus и Streptococcus. Это аэробы, а также анаэробы и аэротолерантные бактерии. Микробные сообщества весьма разнообразны у отдельных особей и состоят примерно из 140 различных семейств. Например, бронхиальное дерево содержит в среднем 2000 бактериальных геномов на квадратный сантиметр поверхности. Вредные или потенциально вредные бактерии также регулярно выявляются в образцах из дыхательных путей. Наиболее значимыми являются Moraxella cataralis, Haemophilus influenzae и Streptococcus pneumoniae. Известно, что они вызывают респираторные нарушения при определенных условиях, а именно при нарушении иммунной системы человека. Механизм, посредством которого они сохраняются в нижних дыхательных путях у здоровых людей, неизвестен. Роды грибов, которые обычно встречаются, составляют микобиом легких, в микробиоте легких, и включают Candida, Malassezia, Neosartorya, Saccharomyces и Aspergillus и другие.